Э. Е. Вайнштейн родился в 1917 г. в Молдове (Бессарабии) в г. Сороки. В 1930 г. поступил в Ростовский филиал Новочеркасского индустриального института, продолжил обучение в Ленинградском политехническом институте, который окончил в 1938г. по специальности «экспериментальная физика». Окончил аспирантуру в Биогеохимической лаборатории АН СССР (1939-1942) , где защитил кандидатскую диссертацию (1942) и был принят на работу руководителем рентгено-спектральной лаборатории, а позже (1954-60) стал заведующим лаборатории спектральных методов анализа. В 1959 г. защитил докторскую диссертацию. В 1960г. перевелся в г. Новосибирск в Институт неорганической химии СО АН СССР, где принимал активное участие в создании Новосибирского научного центра Академии наук. В 1964г. Э.Е. Вайнштейн вернулся в Москву, в ГЕОХИ АН СССР, где проработал до 1966г.
Научная деятельность Э.Е. Вайнштейна характеризуется несколькими направлениями: развитием спектральных и рентгено-спектральных методов исследования конденсированных сред, развитием теории химической связи, необходимой в кристаллохимии, геохимии и химии редких элементов. Под его руководством проводились работы по усовершенствованию и созданию новой рентгено-спектральной аппаратуры.
Э.Е. Вайнштейном опубликовано около 250 научных трудов, из которых 4 монографии.
За заслуги в решении ряда важнейших правительственных задании Э.Е. Вайнштейн награжден двумя орденами «Трудового Красного Знамени» (1951, 1953 г.г.), орденом «Знак Почета»(1954 г.).